Гимназия № 399 Красносельского района Санкт-Петербурга была создана в 1982 году как общеобразовательная школа.
В своем развитии гимназия прошла несколько этапов.
Первый этап – традиционная общеобразовательная школа.
Второй этап с 1987 года школа с углублённым изучением испанского языка.
Третий этап – с 1996 года школа-гимназия.
Четвертый этап – с 1999 года гимназия.
Пятый этап - экспериментальная площадка.
Шестой этап – районный ресурсный центр.
В гимназии реализуются основного общего образования, обеспечивающие дополнительную (углубленную) подготовку обучающихся по предметам гуманитарного профиля